Wzmianki na temat białych psów pasterskich występujących w rejonie Podhala pojawiają się w XVII wiecznej pozycji „Oeconomia ruralis et domestica” autorstwa Kohlera. Tam też jest informacja, że kiedyś psy te nie pełniły funkcji stricte pasterskich, ale były trzymane do obrony stada przed wilkami i złodziejami, stąd była preferowana ich biała szata, która miała je wyróżniać.

Pierwszy opis poświęcony owczarkowi podhalańskiemu został dokonany w 1938 roku przez W. Wielanda, który nazwał podhalana mianem „owczarka górskiego”, a nazwę zaczerpnął od słowiańskich górali zamieszkujących obszar Beskidów. Wieland był pierwszym obcokrajowcem opisującym tę rasę w rozprawie „Die bodenständigen Hütehundeschläge in Polen” („Rodzime odmiany psów pilnujących w Polsce”). W tej pozycji autor pisze: „W Karpatach i Tatrach żyją białe psy pasterskie, które bez wątpienia spokrewnione są z węgierskim kuwaszem. Od czasu do czasu wymieniany jest materiał hodowlany pomiędzy psami żyjącymi po polskiej i słowackiej stronie granicy.”

W rozprawie swojej Wieland załącza także materiały zdjęciowe uzyskane od profesora Marchlewskiego, a które były podpisane jako „psy typu kuwasza z Tatr”. Inny badacz, Ivan Stuchlý uważał, że w ogóle europejskie psy pasterskie są dalekimi potomkami dogów tybetańskich, natomiast pomocą w podtrzymaniu tej teorii miały być udokumentowane losy psów, które przebyły drogę ze wschodu na zachód takich jak: „owczarki południoworosyjskie oraz kaukaskie, karabasz w Turcji, carpatin w Rumunii, sarplaninac w Jugosławii, czy kuvash na Węgrzech, owczarek podhalański w Polsce i pomorski pies pilnujący”.

Owczarek podhalański jest bardzo starą rasą regionalną. W drodze selekcji uzyskano białe, duże, odporne i odważne psy charakteryzujące się umiejętnością samodzielnej pracy. Zwierzęta hodowano w izolacji geograficznej w rejonie Tatr zarówno po słowackiej jaki polskiej stronie gór. Tradycja mówi, że szczególnie dorodne psy pochodziły z okolic słowackich Liptów, stąd ich regionalna nazwa – liptoki.

W 2006 roku Koło Naukowe na Wydziale Nauk o Zwierzętach w Szkole Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie dokonało publikacji „Ocena pokrewieństwa białych psów pasterskich – stróżujących na podstawie badań DNA”. Z badań tam przedstawionych wynikało, że podział jaki dokonało FCI na rozróżnienie ras tak podobnych do siebie jak: owczarek podhalański, czuwacz słowacki, kuvasz, czy cane da pastore Maremmano-Abruzzese, a które należą do wspólnej grupy I FCI, jest słuszny.