Przodków dzisiejszych Chihuahua odszukać można wiele wieków wstecz. Pierwsze świadectwa istnienia rasy prowadzą do południowego Meksyku, ojczyzny rasy.

Istnieje wiele teorii tłumaczących powstanie i rozwój tej najmniejszej na świecie rasy.
Według jednej z teorii, przodkiem Chihuahua był pies zwany Techichi, hodowany przez Tolteków jako piesek pałacowy. Toltekowie żyli w Meksyku w IV w n.e.

Rozkwit hodowli tych małych piesków przypada jednak na okres panowania Azteków, to jest na około 13 wiek n.e. Wydaje się, że Chihuahua odgrywały ważną rolę w religii Azteków. Wierzono, że towarzyszyły duszom zmarłych w ich wedrówce w zaświatach. Dlatego chowane były wraz ze zmarłymi. Kości małych piesków znaleziono w piramidach w Cholula w Meksyku. Błękitne Chihuahua uważano za święte i składano w ofierze bogom, aby zapewnić sobie ich przychylność i opiekę, rude natomiast przynosiły szczęście.

Według legendy Montezuma, ostatni władca Azteków, miał ich w swoim pałacu setki.

Majowie, żyjący w południowej Ameryce przedstawiali w swoich rzeźbach małego pieska, czyżby prototyp dzisiejszego Chihuahua? Zabytki te są datowane na V wiek n.e. Ludność meksykańska w 1100 roku posiadała małe psy, o mocnym kośćcu oraz długim włosie. Pieski te, to właśnie wspomniany wcześniej Techichi. Techichi był psem na długich nogach, o małym korpusie, w rudym kolorze.

Dalszy ciąg historii wiąże się z okresem konkwistadorów hiszpańskich i końcem świata Azteków. Na szczęście najeźdźcy nie zorientowali się w religijnym znaczeniu małych piesków. Traktowali je raczej jako domowego tępiciela szkodników i dlatego nie tępili ich jak Xoloitzcuintle ( Nagi Pies Meksykański ), który także odgrywał ważną rolę w religijnych misteriach azteckich. Armii Corteza , która podbiła Meksyk około 1520 roku, towarzyszyły małe, czarne podpalane psy w typie teriera. Wydaje się, że z połączenia ich z miejscowym Techichi narodził się Chihuahua.

Jeszcze inna hipoteza jako ojczyznę rasy wskazuje Maltę. Żyły tam bowiem małe psy mające niezarośnięte ciemiączko. Dowodem na to ma być fresk włoskiego malarza Sandro Botticelli. W 1482 roku namalował psa bardzo podobnego do dzisiejszego Chihuahua. Dopiero z konkwistadorami miał trafić do Ameryki Południowej.

Są i tacy, którzy przodków Chihuahua lokują w Chinach, skąd miały zostać przywiezione do Meksyku.

Niektórzy wierzyli, że Chihuahua wywodzi się od małego pustynnego lisa fenka, zasugerowani jego dużymi oczami i olbrzymimi uszami. Ale dziś naukowcy są już zgodni co do tego ,że pies jako gatunek pochodzi od wilka. Lis nie może być przodkiem psa, ponieważ ma inną liczbę chromosomów. Także nawet nasz mały Chihuahua jest potomkiem wilka.