Przodków dzisiejszych Chihuahua odszukać można wiele wieków wstecz. Pierwsze świadectwa istnienia rasy prowadzą do południowego Meksyku, ojczyzny rasy.

Istnieje wiele teorii tłumaczących powstanie i rozwój tej najmniejszej na świecie rasy.
Według jednej z teorii, przodkiem Chihuahua był pies zwany Techichi, hodowany przez Tolteków jako piesek pałacowy. Toltekowie żyli w Meksyku w IV w n.e.

Rozkwit hodowli tych małych piesków przypada jednak na okres panowania Azteków, to jest na około 13 wiek n.e. Wydaje się, że Chihuahua odgrywały ważną rolę w religii Azteków. Wierzono, że towarzyszyły duszom zmarłych w ich wedrówce w zaświatach. Dlatego chowane były wraz ze zmarłymi. Kości małych piesków znaleziono w piramidach w Cholula w Meksyku. Błękitne Chihuahua uważano za święte i składano w ofierze bogom, aby zapewnić sobie ich przychylność i opiekę, rude natomiast przynosiły szczęście.

Według legendy Montezuma, ostatni władca Azteków, miał ich w swoim pałacu setki.

Majowie, żyjący w południowej Ameryce przedstawiali w swoich rzeźbach małego pieska, czyżby prototyp dzisiejszego Chihuahua? Zabytki te są datowane na V wiek n.e. Ludność meksykańska w 1100 roku posiadała małe psy, o mocnym kośćcu oraz długim włosie. Pieski te, to właśnie wspomniany wcześniej Techichi. Techichi był psem na długich nogach, o małym korpusie, w rudym kolorze.

Dalszy ciąg historii wiąże się z okresem konkwistadorów hiszpańskich i końcem świata Azteków. Na szczęście najeźdźcy nie zorientowali się w religijnym znaczeniu małych piesków. Traktowali je raczej jako domowego tępiciela szkodników i dlatego nie tępili ich jak Xoloitzcuintle ( Nagi Pies Meksykański ), który także odgrywał ważną rolę w religijnych misteriach azteckich. Armii Corteza , która podbiła Meksyk około 1520 roku, towarzyszyły małe, czarne podpalane psy w typie teriera. Wydaje się, że z połączenia ich z miejscowym Techichi narodził się Chihuahua.

Jeszcze inna hipoteza jako ojczyznę rasy wskazuje Maltę. Żyły tam bowiem małe psy mające niezarośnięte ciemiączko. Dowodem na to ma być fresk włoskiego malarza Sandro Botticelli. W 1482 roku namalował psa bardzo podobnego do dzisiejszego Chihuahua. Dopiero z konkwistadorami miał trafić do Ameryki Południowej.

Są i tacy, którzy przodków Chihuahua lokują w Chinach, skąd miały zostać przywiezione do Meksyku.

Niektórzy wierzyli, że Chihuahua wywodzi się od małego pustynnego lisa fenka, zasugerowani jego dużymi oczami i olbrzymimi uszami. Ale dziś naukowcy są już zgodni co do tego ,że pies jako gatunek pochodzi od wilka. Lis nie może być przodkiem psa, ponieważ ma inną liczbę chromosomów. Także nawet nasz mały Chihuahua jest potomkiem wilka.

Wzmianki na temat białych psów pasterskich występujących w rejonie Podhala pojawiają się w XVII wiecznej pozycji „Oeconomia ruralis et domestica” autorstwa Kohlera. Tam też jest informacja, że kiedyś psy te nie pełniły funkcji stricte pasterskich, ale były trzymane do obrony stada przed wilkami i złodziejami, stąd była preferowana ich biała szata, która miała je wyróżniać.

Pierwszy opis poświęcony owczarkowi podhalańskiemu został dokonany w 1938 roku przez W. Wielanda, który nazwał podhalana mianem „owczarka górskiego”, a nazwę zaczerpnął od słowiańskich górali zamieszkujących obszar Beskidów. Wieland był pierwszym obcokrajowcem opisującym tę rasę w rozprawie „Die bodenständigen Hütehundeschläge in Polen” („Rodzime odmiany psów pilnujących w Polsce”). W tej pozycji autor pisze: „W Karpatach i Tatrach żyją białe psy pasterskie, które bez wątpienia spokrewnione są z węgierskim kuwaszem. Od czasu do czasu wymieniany jest materiał hodowlany pomiędzy psami żyjącymi po polskiej i słowackiej stronie granicy.”

W rozprawie swojej Wieland załącza także materiały zdjęciowe uzyskane od profesora Marchlewskiego, a które były podpisane jako „psy typu kuwasza z Tatr”. Inny badacz, Ivan Stuchlý uważał, że w ogóle europejskie psy pasterskie są dalekimi potomkami dogów tybetańskich, natomiast pomocą w podtrzymaniu tej teorii miały być udokumentowane losy psów, które przebyły drogę ze wschodu na zachód takich jak: „owczarki południoworosyjskie oraz kaukaskie, karabasz w Turcji, carpatin w Rumunii, sarplaninac w Jugosławii, czy kuvash na Węgrzech, owczarek podhalański w Polsce i pomorski pies pilnujący”.

Owczarek podhalański jest bardzo starą rasą regionalną. W drodze selekcji uzyskano białe, duże, odporne i odważne psy charakteryzujące się umiejętnością samodzielnej pracy. Zwierzęta hodowano w izolacji geograficznej w rejonie Tatr zarówno po słowackiej jaki polskiej stronie gór. Tradycja mówi, że szczególnie dorodne psy pochodziły z okolic słowackich Liptów, stąd ich regionalna nazwa – liptoki.

W 2006 roku Koło Naukowe na Wydziale Nauk o Zwierzętach w Szkole Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie dokonało publikacji „Ocena pokrewieństwa białych psów pasterskich – stróżujących na podstawie badań DNA”. Z badań tam przedstawionych wynikało, że podział jaki dokonało FCI na rozróżnienie ras tak podobnych do siebie jak: owczarek podhalański, czuwacz słowacki, kuvasz, czy cane da pastore Maremmano-Abruzzese, a które należą do wspólnej grupy I FCI, jest słuszny.